Anima được đặt trong một tương lai khác, ba năm sau khi các sự kiện của Neon Genesis Evangelion khi Shinji đã ngăn chặn thành công kế hoạch của Seele đáng lẽ phải diễn ra trong The End of Evangelion. Bộ truyện khắc họa cuộc xung đột giữa một tổ chức N.E.R.V được tái lập và Seele, giờ bị lên án là một tổ chức phản động, vẫn đang cố gắng thực hiện Dự án Công cụ Con người. Có một số tùy chỉnh và nâng cấp mới của các đơn vị Evangelion chiến đấu cho cả hai phe, bao gồm một đơn vị Evangelion tự do bí ẩn, mạnh mẽ đến mức khủng khiếp tên là Armaros.