Sáu năm sau khi Chiến tranh Một Năm kết thúc (UC 0086–0087).
Một cô gái đã mất không chỉ cha mẹ mà còn cả ký ức của chính mình do vụ rơi thuộc địa do Zeon gây ra, được tuyển vào Viện Nghiên cứu Newtype (Phòng thí nghiệm Murasame). Sau một thời gian lang thang vô định, cô trở thành đối tượng thí nghiệm số 004 (còn gọi là “Four”). Tại đây, cô được huấn luyện để trở thành một “con người tăng cường” cùng với hai đối tượng khác — số 005 Jill Ratokie và số 006 Amari Garfield.

Quá trình huấn luyện khắc nghiệt ấy đã cướp đi sinh mạng của nhiều người, thế nhưng giữa tất cả, Four và Jill luôn an ủi, nâng đỡ lẫn nhau.

Ở phía bên kia, tại Phòng thí nghiệm Augusta, Tiến sĩ Murasame biết đến kế hoạch tạo ra một Newtype nhân tạo khác — Rosamia Badam. Ông nghiên cứu ký ức của Rosamia và nhận thấy rằng nỗi sợ hãi trước thảm họa rơi thuộc địa đã khuếch đại tiềm năng Newtype. Để thực hiện điều đó, Amari và Jill sẽ bị đem ra làm vật thí nghiệm.

Tuy nhiên, trong một bước ngoặt đầy bi kịch, Tiến sĩ Murasame không bao giờ đạt được mục tiêu của mình — bởi cả ba người, Jill, Amari và Four, đã cùng nhau trốn thoát khỏi viện nghiên cứu.