Đội “Tomoshibi” luôn đối mặt với những “nhiệm vụ bất khả thi” có tỉ lệ tử vong cao hơn 90%. Tiền thân của họ là “Homura” – đội điệp viên ưu tú đã có công giúp cuộc đại chiến năm xưa đi vào hồi kết. Người đứng đầu của đội – “Kouro” – đã cứu vớt thiếu nữ Tia khỏi đáy tuyệt vọng và trao lại cho cô “Chiếc chìa khoá” chưa rõ lai lịch cùng với nguyện vọng của bản thân trước khi đối diện với cái chết.

Thời gian trôi qua, trong khi loay hoay tìm hiểu công dụng của chiếc chìa khoá, Tia ngẫu nhiên phát hiện ra một chiếc hộp có thể tra chiếc chìa khoá ấy vào. Cẩn trọng mở chiếc hộp ra, trong đó là lời di ngôn của Kouro.

“Klaus đang … em.”

Chỗ cực kỳ quan trọng trong di ngôn của Kouro lại để trống khiến những hiểu lầm cứ nối tiếp nhau nảy sinh và cuốn cả đội “Tomoshibi’ vào mớ hỗn loạn!? Ngoại truyện “Lớp học điệp viên” 02 đã bắt đầu!