Câu chuyện lấy bối cảnh năm 1986, xoay quanh cuộc đối thoại định mệnh giữa Kusakabe Soichi (Tendo Soichi) và Kagami Riku về việc phát triển Masked Rider System. Dựa trên câu chuyện cổ tích về đôi giày đỏ, họ quyết định tích hợp hệ thống 'Red Shoes' — một giao thức chiến đấu cưỡng bức — vào Kabuto và Gatack để tiêu diệt tận gốc hiểm họa từ Worm và Native. Cả hai người cha đều chấp nhận đánh đổi tương lai yên bình của con trai mình là Souji và Arata để chuẩn bị cho cuộc chiến bảo vệ nhân loại.